집에서 끓인 보리차를 물 대신 마실 때는 끓이는 과정만큼 식힌 뒤 보관하는 방식도 중요하다. 보리알이나 티백을 차에 넣어둔 채 실온에 오래 두면 미생물이 늘어날 수 있다. 팔팔 끓였다는 이유로 며칠간 식탁 위에 두는 습관은 안전을 보장하지 않는다. 보리알에 남을 수 있는 내열성 미생물 포자와 보관 온도가 변수다. 연구에서 확인된 수치와 함께 보리차를 다룰 때 놓치기 쉬운 지점을 살펴본다. 보리알과 티백을 건져내는 시점 보리차를 끓인 뒤 보리알이나 티백을 계속 담가두면 맛이 더 우러날 수 있지만, 보관 과정에서는 다른 문제가 생길 수 있다. 보리알에 열에 강한 미생물 포자가 붙어 있을 가능성이 있어 가열만으로 미생물이 모두 사라졌다고 단정하기 어렵다. 한국식품조리과학회지에 소개된 연구에서는 보리알을 제거한 상태로 보관했을 때 미생물에 의한 산패가 상대적으로 적게 나타났다. 차를 다 끓인 뒤에는 보리알을 건져내고, 티백을 사용했다면 함께 빼서 보관하는 편이 낫다. 실온과 냉장 보관의 차이 보관 온도에 따른 변화를 확인한 전남도보건환경연구원 조사에서는 보리를 물에 넣고 10분간 끓인 뒤 실온과 냉장 조건에서 보리차를 보관했다. 실온은 섭씨 25~30도, 냉장은